Informació tècnica
Utilitat
Identificar les variants genètiques relacionades amb una malaltia o trastorn hemostàtic.
Estudi de Exoma complet
L'estudi de l'exoma complet (Whole Exome Sequencing; WES) es basa en la captura de DNA fragmentat, provinent de sang total, a partir de la hibridació de sondes específiques. Aquesta prova permet la seqüenciació de tot l'exoma humà, que comprèn les regions genòmiques codificants per a proteïnes i conté aproximadament el 85% de les variants conegudes causants de malaltia. Aquest disseny presenta avantatges cost-benefici respecte a altres tècniques de seqüenciació amb panells de gens, donat que permet actualitzar la selecció de gens candidats y reanalitzar els resultats en funció dels coneixements vigents.
Aquesta prova està especialment indicada en el cas de malalties amb diferents gens candidats o amb un fenotip sense base genètica clara. L'aplicació principal és el diagnòstic de diàtesis hemorràgiques de base genètica heterogènia o poc coneguda com és el cas dels trastorns plaquetaris hereditaris, els defectes congènits de glicosilació o els dèficits del teixit connectiu. Donat que aquesta aproximació pot utilitzar-se en el diagnòstic de diferents malalties, podeu consultar la seva aplicació amb el responsable del laboratori.
Especialment en l'estudi de fenotips complexos o en el cas d'una difícil valoració de les variants identificades es recomana l'anàlisi de trios (pacient i dos familiars directes). Aquesta estratègia pot simplificar i reforçar les anàlisis, oferint informació sobre l'herència de la malaltia.
Mètode
Seqüenciació massiva (NGS) dels exons i les regions intròniques flanquejants de tots els gens.
Seqüenciació tradicional de Sanger per recomprovar la/es mutació/ns candidates detectades per NGS en els pacients, per tal d'arribar a un resultat inequívoc. Probablement serà necessari el disseny de primers específics per analitzar la regió concreta on es troba la variant.
En el cas de no identificar cap mutació candidata a ser causant (o potencialment causant) de la patologia s'informarà i discutirà amb l'equip mèdic demandant de la prova la possibilitat de realitzar estudis complementaris.
Valors de referència
No aplica.
Algoritme diagnòstic
No aplica.
Temps de resposta
A concretar.
Informació sobre l’espècimen
Mostra: Sang total
Tub: Tub EDTA K3 5-10 ml si es tracta d'una mostra de sang
Volum mínim imprescindible: 3 ml
Estabilitat:
-
A temperatura ambient: 4 dies
-
En refrigeració: 10 dies
Instruccions de transport: Preferiblement a temperatura ambient
Motiu de rebuig: Mostra coagulada i/o incorrectament identificada.
Altres tipus de mostres acceptades:
-
DNA purificat, mínim 300 ng (30 ng/μL).
-
Mucosa bucal: contactar amb el laboratori per consultar especificacions de recollida de la mostra.
Informació administrativa
Codi BST: 70818
Codi BST antic: LRD2829
Descripció de la prova: Estudi Exoma Complet
Sinònims: Seqüenciació de l'exoma complet, WES, estudi molecular de malalties amb base genètica.
Secció: Coagulopaties Congènites.
Tarifa BST: Consultar les tarifes actualitzades aquí.
En el full de petició d'estudi molecular s'ha de marcar la casella Altres, especificar que es vol estudiar l'exoma complet i omplir (adjuntar) les dades fenotípiques de les que es disposi.
Perfils: 70818
Referències
- LaDuca H, Farwell KD, Vuong H, Lu HM, Mu W, Shahmirzadi L, Tang S, Chen J, Bhide S, Chao EC. Exome sequencing covers >98% of mutations identified on targeted next generation sequencing panels. PLoS One. 2017;12(2):e0170843.
- Protocolo Nextera Flex for Enrichment Reference Guide (1000000048041) de Illumina.
Base de dades de mutacions
- Human Gene Mutation Database: http://www.hgmd.cf.ac.uk
- Leiden Open Variation Database: https://databases.lovd.nl/shared/genes
- Genome Aggregation Database: https://gnomad.broadinstitute.org
- 1000 Genomes Database: https://www.internationalgenome.org
