Exoma Complet: Trastorns plaquetaris congènits

Informació clínica

Els Trastorns plaquetaris congènits (TPC) són un grup heterogeni de malalties rares causades per mutacions en gens relacionats amb la formació i/o funció de les plaquetes. Els TPC més comuns inclouen la Síndrome de Bernad Soulier, causada per mutacions a GP1BA, GP1BB i GP9, i la Trombastenia de Glanzman, causada per mutacions a ITGA2B i ITGB3. Actualment, s'han reconegut al voltant de 60 tipus de TPC causats per defectes moleculars en més de 70 gens diferents. Els TPC alteren l'hemostàsia primària i estan associats a una major susceptibilitat al sagnat. Es poden manifestar amb un ampli espectre de símptomes hemorràgics sent el més comú el sagnat mucocutani com l'epistaxi o la menorràgia. Addicionalment, alguns TPC es poden associar amb característiques sindròmiques específiques, com la pèrdua auditiva, la malaltia renal o l'albinisme, mentre que altres poden predisposar al desenvolupament de tumors malignes.

L'estudi genètic d'aquestes patologies proporciona informació crucial per establir un diagnòstic precís i una classificació acurada. Addicionalment, permet dur a terme un assessorament genètic, millorar el pronòstic i maneig d'aquests pacients, i contribuir a la investigació i al desenvolupament de teràpies.

Indicació d'estudi

Confirmació de la sospita clínica o analítica de la patologia. Aquesta prova està especialment indicada en el cas de malalties amb diferents gens candidats o amb un fenotip sense base genètica clara.

Utilitat diagnòstica

Identificar les variants genètiques relaciones amb sospita clínica d'un trastorn hemorràgic hereditari.

Mètode

Seqüenciació de l'exoma complet (Whole Exome Sequencing; WES) per a la identificació de variants patogèniques. L'estudi de la WES es basa en la captura de DNA fragmentat, provinent de sang total, a partir de la hibridació de sondes específiques. Aquesta prova permet la seqüenciació de tot l'exoma humà, que comprèn les regions genòmiques codificants (exons) per a proteïnes i les regions intròniques flanquejants de tots els gens. A continuació, s'utilitza un panell de gens virtual seleccionat en funció de la patologia d'estudi (veure apartat panell de gens) per limitar i acotar l'anàlisi genètic a aquells gens relacionats amb el fenotip del pacient.

Especialment en l'estudi de fenotips complexos o en el cas d'una difícil valoració de les variants identificades es recomana l'anàlisi de trios (pacient i dos familiars directes). Aquesta estratègia pot simplificar i reforçar les anàlisis, oferint informació sobre l'herència de la malaltia.

Per últim, la/es mutació/ns candidates detectades per NGS es recomproven per seqüenciació tradicional de Sanger, per tal d'arribar a un resultat inequívoc. Probablement serà necessari el disseny de primers específics per analitzar la regió concreta on es troba la variant.

En el cas de no identificar cap mutació candidata a ser causant (o potencialment causant) de la patologia s'informarà i discutirà amb l'equip mèdic sol·licitant la possibilitat de realitzar estudis complementaris.

Panell de gens

L'estudi genètic dels TPC analitza 87 gens. El gens del panell s'han seleccionat acuradament a partir de la literatura científica, les bases de dades de mutacions i l'experiència pròpia. Es important destacar que aquest panell s'actualitza periòdicament en funció dels coneixements vigents permetent modificar la selecció de gens candidats i reanalitzar els resultats. Tanmateix, sota petició del facultatiu responsable, es poden analitzar altres gens que no es contemplen al panell virtual i que poden estar relacionats amb característiques clíniques determinades. Això es possible gràcies a la seqüenciació completa de l'exoma.

Limitacions

Aquesta prova no detecta:

• Variants estructurals com inversions complexes
• Conversions genètiques
• Translocacions equilibrades
• Expansions repetitives de nucleòtids
• Variants en regions intròniques profundes.

És possible que aquesta prova no detecti de manera fiable:

• Indels superiors a 50 pb
• Supressions o duplicacions d'exons únics
• Variants dins de regions pseudogèniques/segments duplicats.

Valors de referència

No aplica

Algoritme diagnòstic

No aplica

Temps de resposta

8 setmanes

Informació sobre l’espècimen

Mostra: Sang total

Tub: Tub EDTA K3 5-10 ml si es tracta d'una mostra de sang

Volum mínim imprescindible: 3 ml

Estabilitat:

• A temperatura ambient: 4 dies
• En refrigeració: 10 dies

Instruccions de transport: Preferiblement a temperatura ambient

Motiu de rebuig: Mostra coagulada i/o incorrectament identificada

Altres tipus de mostres acceptades:

• DNA purificat: mínim 300 ng (30 ng/µL). El volum recomanat és un mínim de 60 µl
• Mucosa bucal: contactar amb el laboratori per consultar especificacions de recollida de la mostra

Informació administrativa

Codi BST: LRD2829

Descripció de la prova: Estudi Exoma Complet

Sinònims: Seqüenciació de l'exoma complet, WES, estudi molecular de malalties amb base genètica.

Secció: Coagulopaties Congènites

Tarifa BST: Consultar les tarifes actualitzades clicant aquí.

Al full de petició d'estudi molecular s'ha de marcar la casella Altres, especificar que es vol estudiar l'exoma complet i omplir (adjuntar) les dades fenotípiques de les que es disposi.

Referències

• Palma-Barqueros V, Revilla N, Sánchez A, Zamora Cánovas A, Rodriguez-Alén A, Marín-Quílez A, González-Porras JR, Vicente V, Lozano ML, Bastida JM, Rivera J. Inherited Platelet Disorders: An Updated Overview. Int J Mol Sci. 2021 Apr 26;22(9):4521. doi: 10.3390/ijms22094521. PMID: 33926054; PMCID: PMC8123627.
• Protocolo Nextera Flex for Enrichment Reference Guide (1000000048041) de Illumina.

Base de dades de mutacions

• Human Gene Mutation Database: http://www.hgmd.cf.ac.uk
• Leiden Open Variation Database: https://databases.lovd.nl/shared/genes
• Genome Aggregation Database: https://gnomad.broadinstitute.org
• 1000 Genomes Database: https://www.internationalgenome.org

Qualitat

El BST té les certificacions de qualitat ISO 9001, ISO 14001, OSHAS 18001 i el segell d'Excel·lència Europea 500+. El BST està acreditat per CAT, JACIE-FACT, FACT-NETCORD i EFI, compleix les directrius de les Normes de Correcta Fabricació i les Normes de Correcta Distribució.