Exoma Complet: Telangiectàsia hemorràgica hereditària i altres vasculopaties

Informació tècnica

Utilitat

Identificar les variants genètiques relacionades amb la sospita clínica de Telangiectàsia hemorràgica hereditària o altres vasculopaties.

Estudi de les Telangiectàsies hemorràgiques hereditàries o altres vasculopaties

La telangiectàsia hemorràgica hereditària (THH), també coneguda com la malaltia d'Osler-Weber-Rendu, és un trastorn genètic que causa una alteració en els vasos sanguinis que pot ocasionar hemorràgies excessives. En concret, afecta el desenvolupament dels vasos sanguinis donant lloc a connexions anòmales conegudes com a malformacions arteriovenoses, les quals es formen entre les artèries i les venes. Els òrgans més afectats inclouen els llavis, el nas, la llengua i els dits de les mans. Tot i així, també es poden desenvolupar als pulmons, el cervell i el fetge. La manifestació més destacada d'aquesta condició sovint és la presència d'hemorràgies nasals espontànies i sense causa aparent, a vegades succeint de manera diària.

L'estudi genètic d'aquestes patologies proporciona informació crucial per establir un diagnòstic precís i una classificació acurada. Addicionalment, permet dur a terme un assessorament genètic, millorar el pronòstic i maneig d'aquests pacients i contribuir a la investigació i al desenvolupament de teràpies.

Mètode

Seqüenciació de l'exoma complet (Whole Exome Sequencing; WES) per a la identificació de variants patogèniques. L'estudi de la WES es basa en la captura de DNA fragmentat, provinent de sang total, a partir de la hibridació de sondes específiques. Aquesta prova permet la seqüenciació de tot l'exoma humà, que comprèn les regions genòmiques codificants (exons) per a proteïnes i les regions intròniques flanquejants de tots els gens. A continuació, s'utilitza un panell de gens virtual seleccionat en funció de la patologia d'estudi (veure apartat panell de gens) per limitar i acotar l'anàlisi genètic a aquells gens relacionats amb el fenotip del pacient.

Especialment en l'estudi de fenotips complexos o en el cas d'una difícil valoració de les variants identificades es recomana l'anàlisi de trios (pacient i dos familiars directes). Aquesta estratègia pot simplificar i reforçar les anàlisis, oferint informació sobre l'herència de la malaltia.

Per últim, la/es mutació/ns candidates detectades per NGS es recomproven per seqüenciació tradicional de Sanger, per tal d'arribar a un resultat inequívoc. Probablement serà necessari el disseny de primers específics per analitzar la regió concreta on es troba la variant.

En el cas de no identificar cap mutació candidata a ser causant (o potencialment causant) de la patologia s'informarà i discutirà amb l'equip mèdic sol·licitant la possibilitat de realitzar estudis complementaris.

Panell de gens

L'estudi genètic de la THH i altres vasculopaties similars analitza 16 gens. El gens del panell s'han seleccionat acuradament a partir de la literatura científica, les bases de dades de mutacions i l'experiència pròpia. Es important destacar que aquest panell s'actualitza periòdicament en funció dels coneixements vigents permetent modificar la selecció de gens candidats i reanalitzar els resultats. Tanmateix, sota petició del facultatiu responsable, es poden analitzar altres gens que no es contemplen al panell virtual i que poden estar relacionats amb característiques clíniques determinades. Això es possible gràcies a la seqüenciació completa de l'exoma.

Limitacions

Aquesta prova no detecta:

• Variants estructurals com inversions complexes

• Conversions genètiques

• Translocacions equilibrades

• Expansions repetitives de nucleòtids

• Variants en regions intròniques profundes.

És possible que aquesta prova no detecti de manera fiable:

• Indels superiors a 50 pb

• Supressions o duplicacions d'exons únics

• Variants dins de regions pseudogèniques/segments duplicats.

Valors de referència

No aplica.

Algoritme diagnòstic

No aplica.

Temps de resposta

3 mesos.

Informació sobre l’espècimen

Mostra: Sang total

Tub: Tub EDTA K3 5-10 ml si es tracta d'una mostra de sang

Volum mínim imprescindible: 3 ml

Estabilitat:

• A temperatura ambient: 4 dies

• En refrigeració: 10 dies

Instruccions de transport: Preferiblement a temperatura ambient

Motiu de rebuig: Mostra coagulada i/o incorrectament identificada.

Altres tipus de mostres acceptades:

• DNA purificat, mínim 300 ng (30 ng/μL).

• Mucosa bucal: contactar amb el laboratori per consultar especificacions de recollida de la mostra.

Informació administrativa

Codi BST: 70829

Codi BST antic: LRD2829

Descripció de la prova: Estudi Exoma Complet

Sinònims: Seqüenciació de l'exoma complet, WES, estudi molecular de malalties amb base genètica.

Secció: Coagulopaties Congènites.

Tarifa BST: Consultar les tarifes actualitzades aquí.

En el full de petició d'estudi molecular s'ha de marcar la casella Altres, especificar que es vol estudiar l'exoma complet i omplir (adjuntar) les dades fenotípiques de les que es disposi.

Perfils: 70829

Referències

• Centers for Disease Control and Prevention website. Blood disorders: facts about hereditary hemorrhagic telangiectasia (HHT). www.cdc.gov/ncbddd/hht/. Updated April 28, 2023. Accessed May 1, 2023.
• Cappell MS, Lebwohl O. Hereditary hemorrhagic telangiectasia. In: Lebwohl MG, Heymann WR, Coulson IH, Murrell DF, eds. Treatment of Skin Disease. 6th ed. Philadelphia, PA: Elsevier; 2022:chap 102.
• Protocolo Nextera Flex for Enrichment Reference Guide (1000000048041) de Illumina.

Base de dades de mutacions

• Human Gene Mutation Database: http://www.hgmd.cf.ac.uk
• Leiden Open Variation Database: https://databases.lovd.nl/shared/genes
• Genome Aggregation Database: https://gnomad.broadinstitute.org
• 1000 Genomes Database: https://www.internationalgenome.org