Informació tècnica
Utilitat
La seqüenciació massiva de la cadena β del receptor de limfòcits T (TCR) ens permet conèixer el grau de diversitat del repertori, detectar clones T que provenen d’una expansió, i fer un seguiment de clones d’interès. La seva caracterització és útil per diverses aplicacions clíniques, com són l’estudi de la reconstitució dels limfòcits T post-trasplantament, la monitorització de teràpies basades en la infusió de limfòcits T (ex. limfòcits T específics de virus), i l’estudi del repertori T en condicions patològiques (ex. autoimmunitat, immunodeficiències o infeccions).
Mètode
La caracterització dels reordenaments dels gens Variable (V), de Diversitat (D) i d’unió (J) de la cadena β del TCR es realitza amb una estratègia desenvolupada al Laboratori d’Histocompatibilitat i Immunogenètica. La tècnica parteix de DNA genòmic, obtingut de sang perifèrica (SP), de cèl·lules mononucleades de sang perifèrica (PBMCs) o de cèl·lules CD3+, i es basa en una PCR de fusió per l’amplificació i la preparació de llibreries. La seqüenciació es realitza amb la plataforma Illumina i per l’anàlisi s’utilitzen els programes bioinformàtics MIXCR, VIDJIL i VDJtools.
Algoritme diagnòstic
No aplica.
Resultats
Durant l’anàlisi del repertori de la cadena β del TCR s’obtenen diferents paràmetres:
- Diversitat i clonalitat del repertori: diversitat observada, Índex normalitzat de Shannon-Wiener, inversa de l’Índex de Simpson, D50.
- Distribució de la longitud de la regió CDR3.
- Llistat de clonotips únics segons la regió CDR3, amb el nombre i percentatge de lectures, i els gens TRBV i TRBJ.
- Seguiment de clonotips d’interès entre diferents mostres.
- Freqüència d’ús dels segments TRBV i TRBJ, de forma individual i combinada.
- Similitud entre repertoris: nombre i freqüència de clonotips compartits, Índex Morisita-Horn i Jaccard.
Precaucions
No aplica.
Temps de resposta
35 dies.
Informació sobre l’espècimen
Mostra: Sang perifèrica.
Tub: EDTA 5-10ml.
Volum mínim:
- Sang perifèrica: 3 ml.
Estabilitat:
- A temperatura ambient/en refrigeració: <48 hores.
Instruccions de transport: Preferiblement a temperatura ambient.
Motiu de rebuig: Mostra molt hemolitzada, temps superior a 48 hores.
Informació administrativa
Codi BST: 71840.
Descripció de la prova: Perfil - Seqüenciació Repertori TCRβ.
Sinònims: No aplica.
Secció: Histocompatibilitat i Immunogenètica.
Tarifa BST: Consultar les tarifes actualitzades.
Perfils
No aplica.
Referències
No aplica.
